হাউস কার্যক্রম : বিদ্যালয়ের ছাত্র-ছাত্রী ও শিক্ষক-শিক্ষিকার মধ্যে একতা ও সম্প্রীতি তৈরী করা, শিক্ষা ও সৃজনশীল কর্মকান্ডে দলবদ্ধভাবে উন্নতিসাধন, সহজে ও নির্ভুলভাবে কর্ম সম্পাদনের প্রচেষ্টা, সকল কাজে গতিশীলতা ও সুষ্ঠু প্রতিযোগিতামূলক মনোভাব তৈরী করা এবং পড়াশুনার পাশাপাশি বিভিন্ন সহশিক্ষা কর্যক্রমে ছাত্র-ছাত্রীদের উৎসাহ সৃষ্টি করা প্রভৃতি কাজের লক্ষ্যে বিদ্যালয়ের হাউস কার্যক্রম পরিচালিত হয়। শিক্ষা কার্যক্রমের ন্যায় খেলাধুলা, সাংস্কৃতিক, সাধারণ জ্ঞান, কুইজ, বিতর্ক, পিটি-প্যারেড প্রভৃতি সহশিক্ষা কার্যক্রমে পয়েণ্টের ভিত্তিতে প্রতিবছর চ্যাম্পিয়ন ও রানারআপ নির্বাচন করা হয়। 

বিজ্ঞান ক্লাব :বিজ্ঞান শিক্ষাকে ছাত্র-ছাত্রীদের মাঝে অধিকতর আগ্রহ সৃষ্টি করা, বিজ্ঞানভীতি দূর করা, নিত্যনতুন বিজ্ঞানমূলক সৃজনশীলতা ও শিল্পকর্ম তৈরীতে উৎসাহ প্রদান এবং বিজ্ঞানভিত্তিক বিভিন্ন প্রতিযোগিতায় অংশগ্রহন করার লক্ষ্যে গঠন করা হয় বিজ্ঞান ক্লাব। আমাদের তরুণ শাহীনরা  বিজ্ঞান বিষয়ক সৃজনশীল কাজে দেশে ও বিদেশে বিশেষভাবে অবদান রাখছে।

ডিবেট ক্লাব :পুঁথিগত শিক্ষার পাশাপাশি ছাত্র-ছাত্রীদের সহশিক্ষা কার্যক্রমে উৎসাহিত করার জন্য অত্র কলেজে গঠন করা হয়েছে বিএএফ শাহীন কলেজ ডিবেট ক্লাব। ছাত্র-ছাত্রীদের ভবিষ্যত জীবনে দক্ষ, বাগ্মী নেতৃত্ব দানে সক্ষম ও যুক্তিবাদী করে গড়ে তোলার লক্ষ্য হচ্ছে এই ডিবেট ক্লাবের মূল উদ্দেশ্য।   

কুইজ ক্লাব : ছাত্রজীবন শেষে বিভিন্ন প্রতিযোগিতামূলক পরীক্ষায় সফলতা অর্জন, কর্মজীবনে প্রয়োগ ও বাস্তবায়ন এবং পাঠ্যবইয়ের নির্ধারিত সিলেবাসের পাশাপাশি সাধারণ জ্ঞানের পরিধি আরও সমৃদ্ধ করার লক্ষ্যে বিভিন্ন ক্লাশের ছাত্র-ছাত্রীদের নিয়ে গঠন করা হয়েছে কুইজ ক্লাব।